1593年、ポルトガル人によりオールドタウンの地元民を労働者として、フォート・ジーザス砦が建てられた。フォート・ジーザスとはポルトガル人がキリスト教の名の元で侵略を始めたことに由来し、壁にはポルトガル人が書いた十字架を描いた船の絵が残っている。その後オマーン･アラブの手に渡ると、この砦は奴隷貿易の拠点として使用されることになり、1800年代にイギリスが進入、砦がイギリスの手に渡るとイギリス政府の監獄として使用された。現在は博物館として一般公開されており、ユネスコの世界遺産になる計画もあるそうだ。城壁の上には砲台が並び、見張り台の3箇所の穴からは海と運河が良く見え、狙い撃ちするには格好の構造になっている。

この砲台に多くの船が沈められ、今でも運河の底に眠っている。地下の入り口は武器を運ぶためのもので、傍に弾薬や銃などの武器貯蔵庫があり、これらは時間が経つと硬化する珊瑚を削って作られている。博物館にはアラブにより沈められたポルトガル船「サン･アントニオ」などの沈没船から引き上げられた品物の展示、ケニアの伝統的生活・住居・道具などが展示されている。見張り塔がある中庭では約300年前のポルトガル時代に埋葬された、ポルトガル人のものとみられる人骨も出土している。